人们投入了大量精力来研究肝癌的致病原因，是为了能从源头做好预防工作，以达到减少肝癌发病的目的。肝癌发生的原因主要有七点。
肝癌发生的原因一是水源污染：饮用水质的污染，是肝癌发生的重要诱因之一，尤其是污染的沟水，其次为河水，井水最低。
二是病毒性肝炎：主要是乙型与丙型肝炎病毒感染，尤其是乙肝与乙肝病毒携带者，其原发性肝癌的发生率要比正常人高出2～100倍;在肝癌的高发地区，约20%的人可能是乙型肝炎或乙肝病毒携带者。
三是黄曲霉毒素：以黄曲霉素B为最重要的致癌物质。适宜于高温、高湿的气候环境中生长繁殖，尤其是夏季的霉变食物及谷物、饲料等，最易被黄曲霉菌污染而产生黄曲霉毒素，长期食用含此毒素的食物可诱发肝癌。
四是化学致癌物质：能引起肝癌的化学物质以N-亚硝基化合物为主，如亚硝胺和亚硝酰胺等。此外，农药、酒精、黄樟素等亦均能诱发肝癌。
五是基因突变：环境中的突变原和病毒作用激发肝细胞分裂反应途径的活化，引起细胞的点突变和基因易位，是加速癌细胞增殖的可能因素。
六是免疫状态：肝癌患者血浆中含有一种封闭因子，能抑制细胞免疫并保护肝癌细胞不受免疫细胞杀伤。研究已证明，甲胎蛋白(AFP)就能抑制淋巴细胞和巨噬细胞的吞噬作用。
另有繁杂因素：营养过剩(大量营养素)或营养缺乏(如维生素A、B1缺乏)、血色病、寄生虫感染及遗传等，也是诱发肝癌的危险因素。
